DISERTASI dan TESIS Program Pascasarjana UM, 2010

Ukuran Huruf:  Kecil  Sedang  Besar

Identifikasi Variasi Genetik Kerbau Lokal Jawa Timur (Bubalus Bubalis) Dari Wilayah Yang Berbeda Berbasis Mikrosatelit Sebagai Pengembangan Bahan Ajar Mata Kuliah Genetika. (Tesis)

Riyanto Riyanto

Abstrak


         Salah satu propinsi di Indonesia yang memiliki populasi kerbau cukup banyak adalah Jawa Timur. Jumlah populasi ternak kerbau di Jawa Timur dari tahun 2003-2007 mengalami penurunan secara drastis. Tahun 2003 jumlah ternak kerbau 110.685 ekor sedangkan tahun 2007 jumlahnya 53.364 ekor, selama 4 tahun mengalami penurunan sekitar 50%. Apabila hal ini berlangsung terus menerus dikhawatirkan suatu saat akan mengalami kepunahan dan kehilangan plasma nutfah. Kehilangan plasma nutfah dapat dihindari dengan deteksi keragaman genetik, salah satu cara untuk deteksi keragaman genetik dapat dilakukan melalui pendekatan dengan pengamatan morfologi dan molekuler. Salah satu penanda molekuler yang dapat dimanfaatkan dalam kegiatan identifikasi genetik adalah mikrosatelit

         Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui: (1) variasi fenotip kerbau lokal di Jawa Timur dari wilayah Banyuwangi dan Blitar; (2) variasi genotip berbasis Mikrosatelit kerbau lokal di Jawa Timur dari wilayah Banyuwangi dan Blitar; (3) bagaimanakah hasil penelitian dapat digunakan sebagai pengembangan bahan ajar mata kuliah genetika.

         Pengamatan pola variasi genetik dilakukan mulai tahapan isolasi DNA yang dilanjutkan dengan elektroforesis dengan menggunakan gel agarose setelah itu dilakukan PCR dan dilanjutkan dengan elektroforesis gel poliacrilamid. Dari elektoforesis gel ini didapatkan band yang kemudian dianalisis dengan menggunakan GENEPOP ver. 3.1d.

         Hasil analisis menunjukkan bahwa variasi genetik populasi kerbau Blitar lebih tinggi apabila dibandingkan dengan populasi kerbau Banyuwangi. Hal ini dapat dilihat dari rata-rata nilai informasi polimorfik alel pada populasi kerbau Blitar yaitu 55% sedangkan rata-rata nilai informasi polimorfik pada populasi kerbau Banyuwangi yaitu 47%.

         Nilai frekuensi alel ketiga lokus mikrosatelit populasi kerbau Blitar berkisar antara 0,06 sampai 0,65, sedangkan nilai frekuensi alel ketiga lokus mikrosatelit populasi kerbau Banyuwangi berkisar antara 0,07 sampai 0,63, setelah diketahui nilai frekuensi alel, maka analisis dilanjutkan dengan penentuan nilai heterosigositas. Nilai rata-rata heterosigositas pada populasi kerbau Blitar dari ke tiga lokus sebesar 41,50%, sedangkan nilai rata-rata heterosigositas dari populasi kerbau Banyuwangi ke tiga lokus sebesar 27,60%. Angka ini menunjukkan bahwa nilai rata-rata heterosigositas pada populasi kerbau Blitar lebih tinggi apabila dibandingkan dengan nilai rata-rata heterosigositas pada populasi kerbau Banyuwangi.

         Hasil penelitian ini dapat diaplikasikan dalam pembelajaran terutama untuk pengembangan bahan ajar mata kuliah genetika bagian genetika populasi beserta penuntun praktikumnya.

         Bahan ajar dan penuntun praktikum yang telah disusun, dapat digunakan oleh dosen dan mahasiswa program studi pendidikan biologi untuk lebih memahami prinsip-prinsip dasar genetika khususnya genetika populasi.

 

Abstract:

Keywords: genetic variance, east java local buffalo, microsatellite, teaching material

          One of the provinces in Indonesia which happen to possess a lot of buffalo population is East Java. Cattle population in East Java from the year of 2003-2007 has drastically decline. By 2003 the amount of buffalo is 110.685 while in 2007 its amount reaching 53.364, for 4 years has shown reduction for about 50%. If it goes on at this rate, it is estimated that buffalo would extinct and we would lost our germ plasm. The loss of germ plasm might be avoided by conducting genetic variance detection, one way to do this is using morphological and molecular approach. One of molecular marker to be used in this matter for genetic identification is microsatellite.

          The objective of this study has to found out: (1) phenotype variance of local buffalo in East Java from Banyuwangi and Blitar area (2) genotype variance based on microsatellite of local buffalo in East Java from Banyuwangi and Blitar area; (3) How does the result of this study can be used as the development in genetic teaching material.

          Genetic variance pattern observation has been initiated from DNA isolation and continued with electrophoresis using agarose gel. Subsequently PCR is used and followed by another electrophoresis using polyacrilamide gel. From this gel electrophoresis we could obtain bands which are analyzed using GENEPOP version. 3.1d.

          Result of this analysis has shown that genetic variance of buffalo population from Blitar has higher value compared with buffalo population from Banyuwangi. This might be seen from average value of allele polymorphic information for Blitar's buffalo population with 55% while the same value for Banyuwangi's buffalo population is 47%.

          The frequency value of third allele from microsatellite locus for Blitar buffalo population has range between 0,06 until 0,65 while frequency value of third allele from microsatellite locus for Banyuwangi buffalo population has range between 0,07 until 0,63, after we found out its allele frequency value, analysis would continue with determining heterozygosis value. Average value for heterozygosis within Blitar buffalo population from three locus is 41,50% while average value for heterozygosis within Banyuwangi buffalo population from three locus is 27,60%. This number has shown that average value for heterozygosis in Blitar buffalo population is higher compare with average value for heterozygosis in Banyuwangi buffalo population.

          Result of this study might be apply in learning especially to develop teaching material for genetic subject particularly in population genetic section and its practice guideline.

          The teaching material and its practice guideline might be used by lecturer and college student from biology major in order to comprehend more about basic genetic principles particularly in population genetics.