SKRIPSI Jurusan Biologi - Fakultas MIPA UM, 2019

Ukuran Huruf:  Kecil  Sedang  Besar

IDENTIFIKASI PADI LOKAL PENGHASIL BERAS AROMATIK BERDASARKAN GEN BADH2

Sholihah Siti Afiyatus

Abstrak


RINGKASAN

Sholihah, Siti Afiyatus. 2019.  Identifikasi Padi Lokal Penghasil Beras Aromatik Berdasarkan Gen Badh2. Skripsi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing:  (1) Dra. Dwi Listyorini, M.Si. D.Sc. dan (2) Dr. Suharti, S.Pd., M.Si.

Kata Kunci: Beras Aromatik, Gen Badh2, Varietas Padi Lokal

Padi aromatik (Oryza sativa) diakui sebagai komoditas bisnis internasional dengan harga tinggi. Peningkatan permintaan beras aromatik sebesar 1,4% per tahun dan diperkirakan akan terus bertambah hingga tahun 2025. Senyawa folatil 2-acetyl-1-pyrroline (2AP) telah ditemukan sebagai senyawa yang memberikan aroma harum pada padi. Tingkat akumulasi senyawa 2AP dalam beras berfungsi sebagai faktor kunci dalam menentukan aroma harum. Akumulasi senyawa 2AP tersebut disebabkan oleh tidak berfungsinya protein produk gen Betaine aldehyde dehydrogenase 2 (Badh2). Penghapusan 8bp nukleotida pada ekson 7 menyebabkan tidak berfungsinya protein produk gen Badh2 yang mengakibatkan peningkatan level 2AP. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi apakah dari 20 varietas padi lokal Indonesia dari Banten, Samarinda dan Banyuwangi terdapat varietas yang secara genetik berpotensi menghasilkan beras aromatik berdasarkan mutasi pada gen Badh2.

Penelitian ini termasuk penelitian deskriptif eksploratif untuk mengetahui ada tidaknya mutasi gen Badh2 pada 20 varietas padi lokal Indonesia yang berasal dai Banten, Samarinda dan Banyuwangi. Varietas-varietas tersebut antara lain Bulu Putih, Bulu Hideung, Care Lintang, Care Ware, Jalawara, Kewal Benur, Pare Caok, Pare Jaketra, Sek-sek, Seren, Tungguh Hideung, Waren, Amas, Kambang, Pandan Ungu, Roti, Janur Kuning, Blambangan A3 dan SOJ A3. Sampel padi yang digunakan diperoleh dari tim Research Consortium Biotechnology 4 in 1, Universitas Sultan Ageng Tirtayasa (Untirta) Banten dan Perhimpunan Petani di kecamatan Singojuruh, Banyuwangi. Fragmen gen Badh2 diamplifikasi dari DNA hasil isolasi tanaman padi dari masing-masing varietas dan selanjutnya digunakan sebagai templet untuk proses PCR menggunakan primer spesifik yang hanya dapat teramplifikasi pada padi yang memiliki mutasi gen Badh2. Hasil amplifikasi tersebut diketahui menggunakan teknik elektroforesis menggunakan agarose 1% dan divisualisai hasilnya menggunakan UV Transluminator dalam bentuk gambar.

Berdasarkan data yang diperoleh diketahui DNA hasil isolasi memiliki  konsentrasi yang berbeda mulai dari yang terendah 7,3 µg/µl pada varietas Tungguh Hideung dari Banten hingga konsentrasi tertinggi 97,4 µg/µl pada varietas Sek-sek dari Banten serta memiliki perbedaan rasio kemurnian DNA mulai 1,8-2,0. Perbedan konsentrasi DNA dan rasio kemurnian tersebut dikarenakan pada saat isolasi DNA tidak dapat diketahui secara pasti keberhasilan dari proses kimia yang terjadi. Berdasarkan hasil PCR yang dilihat menggunakan teknik elektroforesis diketahui terdapat satu fragmen gen tebal dengan panjang ±250bp pada varietas Pandan Ungu dari Samarinda dan Blambangan A3 dari Banyuwangi. Selain itu diketahui pula terdapat fragmen gen lain yang ikut teramplifikasi pada panjang ± 450bp, ±400bp dan ±1000bp, banyaknya pita gen tersebut diduga dikarenakan primer reverse yang didesain khusus pada mutasi gen Badh2 tidak dapat menempel sehingga mengamplifikasi gen lain yang memiliki kemiripan dengan sekuen gen Badh2 yaitu pada kromosom 5. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa padi varietas Pandan Ungu dari Samarinda dan Blambangan A3 dari Banyuwangi diduga merupakan jenis padi aromatik sedangkan 18 varietas lain diduga bukan merupakan jenis padi aromatik.