SKRIPSI Jurusan Biologi - Fakultas MIPA UM, 2019

Ukuran Huruf:  Kecil  Sedang  Besar

Identifikasi Gen OsDREB2A pada Padi Lokal Banten Potensial Tahan Cekaman Salinitas

'Ainun Sayyidah Zakiyah

Abstrak


ABSTRAK

Eksplorasi padi tahan salinitas sangat diperlukan seiring dengan meluasnya lahan pertanian dengan kadar salinitas tinggi. Paparan salinitas menyebabkan terganggunya pertumbuhan serta menurunnya produktivitas padi. Kemampuan padi untuk bertahan pada kondisi salinitas salah satunya disebabkan oleh adanya gen OsDREB2A. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi polimorfisme pada gen OsDREB2A pada padi lokal Banten varietas Tambleng, Bulu Putih, dan Pare Caok. Ke tiga varietas tersebut terbukti potensial toleran terhadap kondisi cekaman salinitas berdasarkan hasil uji abiotik yang telah dilakukan sebelumnya. Identifikasi polimorfisme gen dilakukan melalui proses isolasi DNA total daun padi sampel, PCR, elektroforesis, sekuensing, dan analisis fragmen gen melalui BLAST, DNA Baser, Clustal-X, BioEdit, PyMol, dan PHYRE2. Hasil yang diperoleh berupa fragmen gen OsDREB2A dengan panjang gen target pada varietas Tambleng 836 bp, Bulu Putih 859 bp dan Pare Caok 845 bp. Terdapat polimorfisme dari fragmen gen yang diperoleh berupa adanya insersi basa sitosin pada urutan basa ke 836. Model protein yang diperoleh identik antar varietas dan terdiri atas 3 struktur β-strand, 4 struktur α-helix serta beberapa struktur coil. Berdasarkan penelitian ini diperoleh hasil bahwa padi (O. sativa L.) lokal Banten varietas Tambleng, Bulu Putih, dan Pare Caok potensial tahan cekaman salinitas berdasarkan sekuen gen OsDREB2A.

Keywords:  Salinitas, gen OsDREB2A, padi lokal, Banten.