SKRIPSI Jurusan Biologi - Fakultas MIPA UM, 2019

Ukuran Huruf:  Kecil  Sedang  Besar

Identifikasi Variasi Sekuen Gen Sex Determining Region Y (SRY) Pada Sapi Pejantan Lokal Madura

Ayu Yasinta Swastika

Abstrak


RINGKASAN

Ayu, Y. S. 2019. Identifikasi Variasi Sekuen Gen Sex Determining Region Y (SRY) Pada Sapi Pejantan Lokal Madura. Skripsi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang, Pembimbing (I) Prof. Dr. Agr. Mohamad Amin, S.Pd, M.Si., (II) Dr. Umie Lestari, M.Si

Kata Kunci : Pulau Madura, Sapi Madura, Variasi genetik, Gen Sex Determining Region Y (SRY), Inbreeding

Pulau Madura menjadi wilayah tertutup untuk melakukan perkawinan silang dengan sapi lain di luar daerah Pulau Madura. Keadaan Pulau Madura sebagai wilayah tertutup ini menyebabkan risiko terjadinya seleksi negatif oleh para peternak sapi yang menyebabkan terjadinya peristiwa inbreeding yang mampu menurunkan kualitas reproduksi ternak. Inbreeding memiliki dampak negatif terhadap kesehatan dan reproduksi dari hewan ternak yang diakibatkan oleh meningkatnya sifat homozigot sebagai faktor pemicu terjadinya inbreeding depression, dengan ciri-ciri berkurangnya daya tahan tubuh, dan berkurangnya kemampuan dalam bereproduksi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi variasi genetik pada sapi pejantan Madura berdasarkan gen SRY untuk menghindari terjadinya peristiwa inbreeding yang dilanjutkan dengan analisis secara bioinformatika untuk mengetahui fungsi dari protein yang diekspresikan. Jenis penelitian yaitu deskriptif eksploratif dengan tujuan untuk mengetahui variasi genetik dari jenis sapi pejantan lokal Madura di daerah Lombang, Pajudan dan Pasean melalui identifikasi variasi genetik gen Sex Determining Region Y (SRY). Identifikasi variasi sekuen berdasarkan gen SRY dilakukan dengan obyek penelitian berupa darah sapi pejantan lokal yang didapatkan dari Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari dengan spesifikasi masing-masing sampel dibedakan berdasarkan tiga wilayah berbeda di daerah Pulau Madura, yakni Lombang, Pajudan dan Pasean. Obyek penelitian kemudian diteliti melalui tahap awal yakni awal isolasi DNA, amplifikasi gen SRY dan elektroforesis. Hasil amplifikasi gen SRY kemudian dilakukan sekuensing guna mendapatkan sekuen basa nukleotida pada masing-masing sampel. Hasil sekuensing kemudian diidentifikasi secara bioinformatika untuk mengetahui variasi sekuen yang terjadi, hingga didapatkan hasil akhir berupa pemodelan protein pada masing-masing sampel. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular , Universitas Negeri Malang. Hasil penelitian menunjukkan adanya variasi sekuen pada ketiga sampel sapi pejantan lokal Madura. Variasi sekuen dapat dilihat dari adanya transversi pada posisi basa ke 4 dan 613 serta adanya transisi pada posisi basa ke 6. Namun, adanya variasi sekuen pada ketiga sampel tidak mengubah ekspresi protein yang dihasilkan. Ketiga sampel mengekspresikan Activator Protein 1 Complex (AP-1) yang memiliki peran meregulasi kehidupan sel dalam skala yang luas, termasuk dalam proses proliferasi, apoptosis, pertahanan (survival) dan diferensiasi. Kesimpulan dari penelitian ini adalah terdapat variasi genetik pada ketiga sampel sapi pejantan lokal Madura yang mewakili tiga wilayah yang berbeda. Variasi genetik ini diprediksi mampu mengurangi risiko terjadinya inbreeding dan adanya variasi sekuen pada urutan asam amino yang mengkode protein AP-1 diprediksi mampu menjadikan aktivitas AP-1 dalam proses transkripsi pada nukleus sel sertoli meningkat (meningkatkan proliferasi pada sel sertoli), sehingga hasil reproduksi sapi pejantan lokal Madura meningkat.