SKRIPSI Jurusan Biologi - Fakultas MIPA UM, 2019

Ukuran Huruf:  Kecil  Sedang  Besar

IDENTIFIKASI BAKTERI DOMINAN DI RANU PANI DAN RANU GRATI BERDASARKAN GEN 16S rRNA

Ulfah Mastika Marisahani

Abstrak


RINGKASAN

Ulfah, Mastika Marisahani. 2019. Identifikasi Bakteri Dominan di Ranu Pani dan Grati Berdasarkan Gen 16S rRNA. Skripsi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Sitoresmi Prabaningtyas, S.Si, M.Si. (II) Dra. Dwi Listyorini, M.Si. D.Sc.

Kata Kunci : Bakteri Dominan, Ranu Pani, Ranu Grati, 16S rRNA.

Mikroalga hidup bersama dengan bakteri dan dapat mempertahankan interaksi simbiotik di alam, maka perlu adanya identifikasi bakteri yang paling dominan untuk tujuan penelitian ini. Gen yang sering digunakan dalam teknik DNA barcoding pada bakteri adalah gen 16S rRNA. Gen 16S rRNA  ini digunakan dalam identifikasi karena memiliki daerah yang bervariasi untuk membedakan antar takson. Tujuan dari penelitian ini untuk mengidentifikasi bakteri dominan di Ranu Pani (Kode: PØD) dan Ranu Grati (Kode: GØD)  berdasarkan sekuen gen 16S rRNA. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif eksploratif yang dilakukan dilakukan dengan cara mengisolasi DNA sampel PØD dan GØD, kemudian amplifikasi gen 16S rRNA dengan menggunakan primer universal untuk bakteri, primer forward 27F dan primer reverse  1492R. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukan bahwa sampel PØD berada pada satu clade dengan Enterobacter cloacae (NR_118568.1) dengan nilai bootstrap 70 (NJ), 70 (ME) dan 72 (ML). Sampel GØD berada pada satu cluster dengan sampel PØD dan Enterobacter cloacae (NR_118568.1) dengan nilai bootstrap 64 (NJ), 62 (ME), dan 52 (ML), dengan jarak genetik antara Enterobacter cloacae dengan sampel PØD 0,008 (IS=99,2%) dan Enterobacter cloacae dengan sampel GØD adalah  0,003 (IS=99,7%).