SKRIPSI Jurusan Biologi - Fakultas MIPA UM, 2018

Ukuran Huruf:  Kecil  Sedang  Besar

POTENSI SENYAWA ALAMI DARI BAWANG PUTIH ( Allium sativum ) TUNGGAL LOKAL JAWA TIMUR SEBAGAI INHIBITOR ENZIM LpxC DALAM BIOSINTESIS LIPOPOLISAKARIDA PADA BAKTERI Pseudomonas aeruginosa MELALUI VIRTUAL SCREENING

Nur Fitriana

Abstrak


ABSTRAK

 

Pseudomonas aeruginosa merupakan bakteri Gram negatif yang menjadi salah satu penyebab infeksi nosokomial. P. aeruginosa memiliki resistensi tinggi terhadap berbagai antibiotik karena adanya lipid A, komponen lipopolisakarida (LPS) yang bersifat responsibel terhadap efek toksik pada inang. Sintesis lipid A dimulai dengan Kdo2-lipid A yang difasilitasi oleh enzim UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase (LpxC). Enzim LpxC merupakan target dalam pengembangan antibiotik karena adanya kofaktor berupa Zn2+. Saat inibawang putih (Allium sativum) tunggal merupakan bahan herbal yang banyak diteliti sebagai pengganti antibiotik sintetis dan minim efek samping. Kandungan senyawa organosulfur dalam bawang putih tunggal (Alliin, Allicin, dan Ajoene) memiliki aktivitas antibakteri. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi potensi senyawa organosulfur dalam bawang putih tunggal sebagai agen antibakteri melalui virtual screening menggunakan metode molecular docking. Metode yang dilakukan adalah memprediksi potensi senyawa organosulfur menggunakan web server PASS dan melakukan docking untuk mengetahui masing-masing interaksi ligan-protein target. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa organosulfur bawang putih tunggal berpotensi sebagai antibakteri, antibiotik, dan immunomodulator. Semua senyawa organosulfur memiliki aktivitas sebagai antibakteri. Aktivitas antibakteri paling kuat ditunjukkan oleh senyawa Alliin dengan afinitas pengikatan tertinggi (-5,2). Semua senyawa organosulfur memiliki sisi aktif yang sama dengan kontrol (Ciprofloxacin dan Imipenem) pada enzim LpxC. Sisi aktif yang sama ditunjukkan dengan adanya residu asam amino (Ser295, Val182, dan Tyr 296) yang berikatan dengan ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik (Phe152, Phe181, Gly85, Phe176, Ala84, Val182, Ser180, Ile241, Leu86, Tyr296, Ser295, dan Met297) antara ligan-protein target.